Zoals bij elk levend wezen komen ook bij de Duitse Herdershond erfelijke aandoeningen voor. Gelet op de grootte van de populatie (de Duitse Herder is een zeer populaire huis- en gebruikshond en er komen er wereldwijd heel veel voor) is er altijd een kans op bestaan van aandoeningen. Gelukkig is er een verstandig, integraal fokbeleid gericht op het inzetten van zo veel mogelijk verschillende fokdieren en het voorkomen van inteelt en beperken van de verwantschapstoename. De identificatie van fokdieren en het stellen van gezondheids- en welzijnseisen aan de fokdieren waarborgen een verantwoord fokbeleid. Afhankelijk van incidentie wordt onderscheid gemaakt tussen verplicht en aanbevolen gezondheidsonderzoek

Afwijkingen
Meest voorkomend zijn nog steeds skeletafwijkingen zoals heupdysplasie (HD) en elleboogdysplasie (ED) maar met de selectie zijn grote verbeteringen bereikt. In de aandacht staan ook problemen die kunnen voorkomen in de lumbo-sacraalstreek, zeg maar de achterste lendenwervels. Hierdoor kunnen verlammings-en bewegingsproblemen veroorzaakt worden.

Veel aandacht is er in de media voor degeneratieve myelopathie (DM): er is een aanleg-gen gevonden die verantwoordelijk zou kunnen zijn voor verlammingsverschijnselen door aantasting van ruggemergszenuwen.
Ten onrechte worden honden die het gen dragen in dubbele vorm, betiteld als zieke honden. Echte klinische lijders zijn honden die de verschijnselen gaan vertonen en waarvan na overlijden ook officieel vastgesteld kan worden dat DM als oorzaak genoemd kan worden van de problemen. Gelukkig zijn die honden zeer zeldzaam omdat het niet alleen een typische ouderdomsziekte is, maar ook andere afwijkingen kunnen leiden tot dezelfde verschijnselen. Er zijn gevallen bekend van honden die vrij zijn van de DM aanleg-genen maar toch als zodanig gediagnosticeerd worden na het post-mortem laboratoriumonderzoek.
Om te voorkomen dat teveel fokdieren uitgesloten gaan worden en er teveel verwantschapstoename binnen het ras gaat optreden, is screening op DM-aanleggenen niet verplicht maar aanbevolen. Bij een grootscheeps onderzoek in Duitsland is inmiddels vastgesteld wat de werkelijke incidentie is. Ook daar zijn geen verplichte fokeisen gesteld om verdere beperking van de genenpool te voorkomen met alle nadelige gevolgen van dien.